Школа балета и танца Ванемуйзе была основана в 1994 году как балетная студия при театре Ванемуйне в Тарту, так что теперешнюю балетную школу можно назвать естественной преемницей той студии.

Вначале существовал только один класс, где учились 24 ученика, однако из-за обилия заинтересованных людей студия стала расширяться. С годами количество учеников возросло, и в январе 2001 года школа стала некоммерческой организацией, независимой от театра — фонды и спонсоры покрывали денежные расходы школы, как, впрочем, и сейчас.

В 2002 году открылись классы для малышей, два года спустя тренировки посещали уже 70 учеников. С того времени количество учащихся возросло ещё более, школу успешно закончили два выпуска, а ученический состав постоянно пополняется детьми, влюблёнными в искусство балета.

Руководителем школы с момента её основания является прима-балерина эстонского балета народная артистка республики Елена Позняк-Кылар.